El conde Von Iggelheim había mandado construir una enorme arca emulando a Noé, a la espera de la lluvia. Cuando la lluvia inició, intentó organizar a la muchedumbre, pero fue apedreado y pisoteado. De pronto dejó de llover y no llovió más en todo el día, ni al día siguiente, ni al otro.
De hecho, aquel año resultó ser especialmente seco en Alemania. Von Iggelheim murió como consecuencia de las heridas y la reputación de Stöffler quedó mal parada. Cuando recalculó una nueva fecha para el cataclismo, nadie lo tomó en serio.
Afortunadamente para él, sus trabajos como astrónomo le otorgaron el reconocimiento del jesuita Giovanni Battista Riccioli, quien en su obra Almagestunm Novum publicada en 1651, incluyó un detallado mapa lunar en el que asignó nombres a numerosos cráteres. En reconocimiento a Stöffler, dio su nombre a un cráter de 126 km situado en la zona sur de la Luna. La Unión Astronómica Internacional ha conservado la mayoría de los nombres que Riccioli asignó a las formaciones lunares.
Stöffler murió de la peste en 1531 y no, como él mismo había predicho, alcanzado por un objeto caído del cielo.
